@Cesc_, ~ en linux es la abreviatura de /home/cesc_ (o como se llame la home del usuario/cacharro donde estés). Generalmente ya hay un directorio .config ahí porque es estándar para muchas aplicaciones. Si estás en macOS supongo que será algo muy parecido a /home/cesc_, es la carpeta donde están "Documents", "Movies", etc. Si es en el Kobo igual se llama diferente. El punto delante de config es una convención para que el sistema no te lo muestre si no se lo pides expresamente.
En definitiva te dice que crees el fichero /home/kobocesc_oloquesea/.config/syncthing/config.xml
Si usas la tilde tal cual el sistema lo sustituye por lo que haga falta, es decir puedes mkdir -p ~/.config/syncthing y el directorio se creará donde toque.
#15, incluso viéndolas, a mí se me hizo un poco de más, pero es posible que tenga que darle otra vuelta.