#21 Trabajo con arqueas en cultivo puro, sí, eso es realmente de ayuda. Y ya están secuenciadas, yo me preocupo del transcriptoma. Espero en un futuro mudarme hacia campos más ambientales.
Siempre me he preguntado, ¿tanto problema hay en poner la muestra de suelo con fenol-cloroformo? Que en los kits la membrana de silicio retenga ácidos húmicos puede ser normal, pero una precipitación con isopropanol o etanol y acetato de sodio en principio debería eliminar las impurezas bastante bien. O una columna de intercambio iónico, al menos.
Supongo que no es tan fácil, pero siempre me ha chocado ese problema.
Solecito... en Dinamarca no tenemos de eso
#19 pido perdón a las siempre olvidadas pero no menos importantes arqueas
No sé si he entendido bien, pero supongo que trabajas con bacterias ya en cultivo puro, aisladas del ambiente que sea. Para conocer su potencial metabólico, obviamente, con secuenciar el genoma (DNA) ya te va bien. Como bien dices, las estrategias combinadas de DNA, RNA y proteina, son las mejores siempre, y las que dan una visión mas amplia. El problema es que el metabolismo de un aislado siempre será diferente en cultivo en laboratorio que en su ambiente real. Por eso, extraer ciertas conclusiones es arriesgado, aunque ese tipo de estudios sigue siendo útil. Yo mismo los estoy haciendo.
Cuando digo que trabajar con RNA es complicadete, me refiero a extraer RNA de suelos directamente para construir un metatranscriptoma y saber que genes estan realmente activos en el ambiente y saber a quien pertenecen. En muestras ambientales hay muchísimos inhibidores, como bien has dicho, y los kits no son todavía funcionales para todo tipo de suelos. De todas formas, eso es otro discurso.
Para ciertas cosas, aislar cepas sigue siendo valioso y útil para la ciencia básica y la biotecnología. Por eso mismo, mejorar los sistemas de aislamiento es muy interesante para los que trabajamos en esto. De ahí el valor y el interés del artículo.
Buena discusión, mucha suerte con tus investigaciones y disfruta del solecito si todavía tienes la suerte de trabajar en Spain.