Aunque siempre ha corrido el rumor de que los sistemas de ficheros de Linux, basados principalmente en las versiones de extend u otros sistemas con journal como JFS, ZFS, XFS o ReiserFS, no requieren desfragmentación, sí es cierto que con el tiempo su operatividad se va volviendo más lenta por la dispersión de los datos. Aunque su impacto nunca llega a ser tan dramático como en los sistemas basados en FAT y NTFS, es algo que podemos solventar fácilmente dentro del sistema si empleamos una herramienta como e4defrag.