La página web flatkill.org apunta a una serie de reclamaciones de seguridad asociados habitualmente con el nuevo paquete de aplicaciones y el formato de distribución de Flatpak. Tres áreas clave están marcadas en el sito como inseguras para los usuarios: muchas aplicaciones Flatpak tienen permiso de escritura para el sistema de archivos; la mayoría de las aplicaciones de Flatpak no se ejecutan en sandbox; actualizaciones de seguridad lentas/no críticas para aplicaciones y tiempos de ejecución.