Hasta donde sé y he podido ver (trabajé en una constructora de obra pública tocha) las modificaciones de proyectos son habituales. Se suelen dar casi en el 100% de los casos. Como en toda obra pública.
Incluso subir el coste un 11% me parece hasta poco dado lo que se suele ver.
En todo caso esas modificaciones deben venir justificadas punto a punto (ya sea por modificaciones en el proyecto constructivo, encarecimiento de materiales, retraso justificado en los plazos, etc).