Los virus respiratorios están infradiagnosticados en pacientes graves, muchos de ellos con síntomas respiratorios. Clínicamente es muy difícil distinguir una neumonía bacteriana de una neumonía vírica y no hay casi ningún marcador analítico que ayude a excepción de la procalcitonina. El exudado nasofaríngeo para el estudio de virus está poco solicitado. Sin embargo está demostrado que los virus influenza, VRS o metapneumovirus son causa de neumonía severa. Sólo un 36% de las neumonías por gripe fueron sospechadas clínicamente.