La guerra siempre va acompañada de las epidemias, y son las segundas (acompañadas por las hambrunas) las que causan más bajas. En cualquier guerra se producen más bajas por hambrunas y epidemias que por los combates.
En el caso que se menciona, hay que entender que "peste" era un término genérico para referirse a una epidemia. Con lo que no es que hubiera confusión en 1652 y se pensase que había una epidemia de peste como la de 1651, sino que lo que cuentan las crónicas es que también en 1652 hubo una epidemia. No es raro, por ejemplo, ver textos que hablan de "peste de viruelas".