No solo existe microbiota en el intestino. El pulmón también cuenta con bacterias, principalmente bacteroidetes, firmicutes y proteobacteria.
Además, se sabe que existe una especie de comunicación cruzada entre el intestino y el pulmón (eje intestino-pulmón) mediado, al menos en parte, por la microbiota. Así, se sabe que los metabolitos que se producen cuando existe una inflamación en el intestino (endotoxinas) pueden afectar al pulmón. Y viceversa: las infecciones respiratorias podrían afectar a la composición de la microbiota intestinal.
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