Flatpak usa una tecnología de sandboxing que previene exploits y aumenta la seguridad del software frente de aplicaciones maliciosas. Al igual que los snaps, lo que esto hace es aislar el código de las apps del resto del sistema, permitiendo que las actualizaciones sean más rápidas sin necesidad de reiniciar el equipo o de preocuparse por como afecten a otra aplicaciones o procesos del sistema.