CajaSur, inmersa en un proyecto de integración con Unicaja, no ha logrado esquivar los números rojos a raíz de la crisis financiera. La entidad andaluza perdió 596,3 millones en 2009. El margen de intereses de la entidad aumentó un 5,3%, hasta los 320,4 millones, mientras que las comisiones percibidas fueron de 61,4 millones, un 16,1% más, y las pagadas alcanzaron los 8,05 millones, un 2,4% menos. Se plantea depurar responsabilidades en esta caja perteneciente a los obispos.