Tanto la patogenia de la enfermedad celíaca y la enfermedad de Crohn son sólo en parte comprendidas, aunque se sabe que son influidas por factores de riesgo genéticos y ambientales. Al menos 1 de cada 100 personas en el mundo occidental desarrollan la enfermedad celíaca, mientras que la enfermedad de Crohn es mucho menos común, pero puede estar acompañada de síntomas más graves ya que puede afectar todo el tracto gastrointestinal.