Una de las cosas que más se comenta, es la posible pérdida muscular ocasionada por un aporte bajo de carbohidratos, ya que niveles altos de glucógeno inhiben la degradación proteica. Cuando una persona pasa de una dieta alta-moderada en carbohidratos, a una dieta cetogénica, se produce una gran perdida de glucógeno, tanto hepático (hígado) como muscular. Esta pérdida de glucógeno arrastra una cantidad importante de agua. Así, una persona que sigue una dieta cetogénica, verá como pierde entre 0.8-2kg en las primeras 72h.