En 1965, ese brazo del Departamento de Estado participó activamente en la invasión de República Dominicana para evitar que el expresidente Juan Bosch retornara al poder, posibilidad que temían en la Casa Blanca por considerarlo poco afín a sus intereses. Durante esa década y parte de la siguiente, el comando apoyó decididamente a aliados de Washington (entre ellos, varias dictaduras militares) a combatir contra las distintas insurgencias guerrilleras izquierdistas que proliferaron por América Latina.