El Dr. Horrible quiere entrar en la Malvada Liga de los Malvados e impresionar así a su adorada Penny... pero el Capitán Martillo, superhéroe donde los haya, intentará impedir que lo logre, robándole además la chica. Escrita por Joss Whedon y sus hermanos Zack Whedon y Jed Whedon, e interpretada por Neil Patrick Harris, Nathan Fillion y Felicia Day.