El 2 de julio de 1940, Horáková fue detenida junto a su marido y pasó dos años interrogada y torturada sin piedad por la Gestapo en Pankrác. Pasó otros dos años en el campo de concentración de Terezín, donde también fue encarcelado su marido... La detención de Milada Horáková se produjo el 27 de septiembre 1947. El interés de la dirección del Partido Comunista de Checoslovaquia era desacreditar a los partidarios de los antiguos partidos democráticos. El juicio contra Milada Horáková se inició ante el Tribunal del Estado el 31 de mayo de 1950