La patente de Microsoft sobre VFAT consiste de "un espacio de nombres común para los nombres de ficheros cortos y largos", que guarda tanto el nombre corto como el nombre largo de cada fichero. Uno de los desarrolladores de Samba ha enviado un parche que permite generar los ficheros exclusivamente con el nombre corto o con el nombre largo, nunca ambos. Los abogados de Linux Foundation están estudiando la viabilidad de esta solución. Mientras, la coalición de empresas Open Invention Network está tratando de invalidar la patente original.