De un estudio de 200.000 niños autistas, se pudo comprobar que tienen entre un 200 y un 300% mas de alergias que el resto de niños. Estudios previos tambien han sugerido un enlace entre las bacterias intestlinales y la forma de interactuar con el sistema inmune y sobrereacciones. Otro estudio demuestra la buena respuesta de los niños autistas a una dieta sin lacteos, trigo y otros productos altamente alérgicos. Las posibles causas pueden ser virales y metabolicas con un componente genetico.