A Martín Villa se le acusa de delitos de homicidio agravado cuando ejercía como ministro durante la Transición.Se investiga su responsabilidad en 12 asesinatos, algunos de ellos perpetrados por las fuerzas y cuerpos del Estado. En concreto: la matanza de Vitoria de marzo de 1976 siendo ministro de Relaciones Sindicales, las muertes de la Semana Proamnistía de 1977 y de otros homicidios de ese mismo año como el de Arturo Ruiz cuando era ministro de Interior. También la jueza indaga en el papel que tuvo en los sucesos de los San Fermínes de 1978.