Las epidemias de cólera y de viruela azotaron Filipinas durante el siglo XIX. De acuerdo con la Gazeta de Madrid, por esta última enfermedad, entre mayo y octubre de 1855, habían muerto 6.000 niños en la provincia de Manila; un año después, la provincia de Batanes perdió un tercio de su población. La persistencia de la viruela denota la precariedad de la vacunación en el archipiélago, algo que también ocurría en España, pero allí la escasez de médicos complicaba la lucha.