A veces es fácil llenarse la boca con expresiones como “santo grial”, “paso de gigante” o “descubrimiento revolucionario” al hablar de un logro científico. Pero cuando se trata de revelar la forma de las proteínas con la sencillez de quien busca algo en Google, esas palabras encajan como un guante. Este año se ha confirmado que la inteligencia artificial es capaz de adivinar la estructura de estos motores básicos de la vida, las proteínas, una de las claves fundamentales de la biología. Y es un logro por partida doble: “Primero, porque resuelve
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etiquetas: inteligencia artificial , estructura vida
Traducción:
secretos == como se pliega
estructuras básicas de la vida == proteínas
desvelados == predicho con un porcentaje alto de precisión
por inteligencia artificial == AlphaFold
El titular sin tanto clic bate:
IA predice el plegamiento de proteínas, considerado descubrimiento científico del año
Traducción:
secretos == como se pliega
estructuras básicas de la vida == proteínas
desvelados == predicho con un porcentaje alto de precisión
por inteligencia artificial == AlphaFold
El titular sin tanto clic bate:
IA predice el plegamiento de proteínas, considerado descubrimiento científico del año
#51 Entonces sirve para saber el resultado del ADN en proteina o para saber el ADN necesario para construir una proteina?
#15 Tampoco considera, como es lógico, las modificaciones postraduccionales.
Eso me suena a que hacen los priones, pero no conozco mas casos. Tambien hay proteina que no solo tienen aminoacidos. La clorofila tiene tiene magnesio y la hemoglobina hierro. He oido que son… » ver todo el comentario
El ADN (en realidad el ARN) viene a ser el manual de instrucciones para fabricar la proteína. Como los papeles de lego o los de Ikea.
En química orgánica, se usa la cristalografía para averiguar la estructura 3D de un compuesto orgánico, ya que sólo composición química (tantos átomos de aquí y de allá) no explican las propiedades del compuesto. Necesitas más información para identificar quién es.
Entonces sirve para saber el resultado del ADN en proteina o para saber el ADN necesario para construir una proteina?
Sirve para saber la estructura tridimensional de la proteína a partir de su secuencia, la cual, hasta cierto punto se puede saber a partir de la secuencia de ADN. También se ha planteado su uso para el diseño de proteínas probando diferentes secuencias para obtener una… » ver todo el comentario
Habia llegado a leer que la clorofilia y la hemoglobina era la misma proteina pero con mg-Fe intercambiado. Veo que no llega a tanto.
No se como se codificará que una proteina lleve Mg, Fe u otro mineral, supogo que es una modificación postraducionales.
Click-Remo
- Los plegamientos ocurren por tensiones entre átomos y moléculas, y estas interacciones están perfectamente descritas por la física ya desde hace décadas.
- La IA te dice la forma final de la proteína, que es lo que quieres saber. Básicamente sirve para averiguar como una cadena de ADN genera una "nanomáquina", que luego tiene tal o cual función en el cuerpo. Si el ADN es un programa esta IA… » ver todo el comentario
Que esta de puta madre, como he dicho, es una herramienta y no es la primera ni la ultima que… » ver todo el comentario
Para hacer divulgación, a veces es bueno un titular de ese estilo y que luego en la noticia te expliquen en qué consiste.
(Cuadro "El origen de la vida", de Gustave Courbet eh, no pr0n)
pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/?term=alkaline+vent&filter=pubt.review&
Alphafold te da una única estructura como output, por lo que el asunto se simplifica. También está la opción de obtener varias estructuras y compararlas, pero las medidas de fiabilidad que Alphafold da a sus propias estructuras no son malas así que uno pude hacerse a la idea de cómo de fiable es la estructura (incluso cada parte de la estructura) a partir de ellas. Esto funciona tan bien que se… » ver todo el comentario
Es como cualquiera de las múltiples herramientas que usamos en el laboratorio. PCR, fotómetro de masas, extracción y estabilización de RNA, más todos los software relacionados con la lectura del DNA para la NGS.
Han diseñado una herramienta que revolucionará el avance en investigación médica, y eso creo que es lo que busca destacar el artículo.
Es esta diferente? Seguro que no aplica solo a 2 proteínas y en entorno controlado dándose lo todo mamado a la IA? Seguro que no tiene ni la mitad de de aplicaciones que dice y solo adivina moléculas de forma "que no nos vale para nada"?
A partir del minuto 40
www.rtve.es/play/videos/orbita-laika/made-in-spain/6234612/
- Te bajas la imagen de Docker, Singularity o lo instalas en un entorno de conda.
- Te bajas los 2.2 TB de bases de datos.
- Te creas el fichero fasta con la secuencia o secuencias de aminoácidos.
- Mandas plegar.
Y ya está. Revoluvionario es poco.
Va a ser una revolución de la medicina.
No se puede menospreciar el conocimiento básico. Es el origen del resto del conocimiento.
Hay otras soluciones como Shifter si quieres echarle un ojo
Acierta casi siempre.
Antes había que comprobar cientos de suposiciones.
Ahora se trata de comprobar una que te dan en bandeja.
Y a medida que se usa más, tiene mayor grado de acierto.
www.investigacionyciencia.es/noticias/la-inteligencia-artificial-de-de
De hecho da bastante información especializada.
Incluso predice cuando una secuencia produce formas "desordenadas", es decir que pueda dar lugar a varias formas y no solo a una.
Las redes neuronales de IA suelen crearse para dar varios resultados con una especie de intervalo de confianza.
Habrá ocadiones en las que no dé ningún resultado coherente (cuando el algoritmo no converge).
Me ha hecho recordar el caso de la Talidomina, que dependiendo de su orientación (dextrógira o levógira) evita los vómitos del embarazo o causa malformaciones en el feto. A pesar de que la composición y secuencia de la molécula es la misma.
Veo que en el último párrafo de mi comentario me he liado y he puesto molécula donde debería haber puesto proteína.
Error mío.
Las computadoras actuales hacen poco más que sumar y restar.
Nadie podía hacer esto con un ábaco.
La ENIAC ocupaba un cuarto de aproximadamente 167 m2, pesaba 30 toneladas, era capaz de ejecutar en un segundo aproximadamente 5.000 sumas, 357 multiplicaciones o 38 divisiones.
Y no hacía predicciones. Daba resultados. Lo de la noticia "sólo" es una IA que manda suposiciones.
www.youtube.com/watch?v=Kp9oMygMPIQ
A veces es fácil ser un cuñado, pero la ia no lo es porque...
¿No saben ir al grano?
Y siempre el mismo error, una ia tiene siempre detrás a personas que la diseñan y la "entrenan" antes de que pueda solucionar los problemas de la humanidad...
Al contrario, sabiendo el fragmento de ADN que codifica una determinada proteína puedes determinar como sera la proteína.
Con el ADN sabes de que esta formada la proteína (cada 3 letras del ADN se codifica un aminoácido, una proteína es una cadena de aminoácidos) pero no sabes que forma va a tener porque la proteína se acaba doblando y adquiriendo una forma compleja. La cuestión es que la forma… » ver todo el comentario