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Ingeniería inversa del código fuente de la vacuna BioNTech / Pfizer SARS-CoV-2 (ENG)

Ingeniería inversa del código fuente de la vacuna BioNTech / Pfizer SARS-CoV-2 (ENG)

¡Bienvenidos! En esta publicación, analizaremos, carácter por carácter, el código fuente de la vacuna de ARNm del SARS-CoV-2 de BioNTech / Pfizer.

Quiero agradecer al gran número de personas que dedicaron tiempo a la vista previa de este artículo por su legibilidad y corrección. Sin embargo, todos los errores siguen siendo míos, pero me encantaría escucharlos rápidamente en bert@hubertnet.nl o @PowerDNS_Bert

Ahora bien, estas palabras pueden resultar un tanto discordantes: la vacuna es un líquido que se inyecta en el brazo.

| etiquetas: mrna , código fuente , ingeniería inversa , sars-cov-2
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67 comentarios
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Comentarios destacados:                
#5 Leer el artículo es una delicia desde que Edward Jenner hizo su primer experimento con virus de viruela de vaca.
Hemos recorrido un gran camino en la sintetización de vacunas, colocando moléculas de ARN donde queramos.
(Copio y pego):

"Esto es un problema para nuestra vacuna: debe escabullirse de nuestro sistema inmunológico. Durante muchos años de experimentación, se descubrió que si la U en el ARN es reemplazada por una molécula ligeramente modificada, nuestro sistema inmunológico pierde interés. De verdad.

La optimización de codones agrega mucho G y C al ARNm. Mientras tanto, usar Ψ (1-metil-3'-pseudouridililo) en lugar de U ayuda a evadir nuestro sistema inmunológico, por lo que el ARNm permanece el tiempo suficiente para que podamos ayudar a entrenar el sistema inmunológico."

"Al final de una proteína encontramos un codón de "parada", denotado aquí por una "s" minúscula. Esta es una forma educada de decir que la proteína debería terminar

…...
sorrillo #1 sorrillo
Han encontrado un par de puertos abiertos, ahora están buscando vulnerabilidades para poder enviarle comandos remotos.

Estiman que en pocas semanas habrán conseguido correr el Doom en alguna de ellas.
20 K 151
#10 --44189-- *
#1 Nada que no se solucione con una actualización OTA por 5G.

Fuera coñas, el artículo es una pasada, es la primera vez que entiendo realmente el funcionamiento de la vacuna gracias a las analogías con el software.
9 K 89
#2 --84408--
#1 ¿Te imaginas que la vacuna nos convierte a todos en demonios?, sollozando en el suelo sobre vómitos de sangre en tu último atisbo de humanidad soltarás una última carcajada al haber acertado en predecir que han hecho correr el Doom en nuestras venas.
6 K 62
pkreuzt #3 pkreuzt
#1 Yo probaría con este, que es más portable que el Doom:

drummyfish.gitlab.io/anarch/
0 K 11
denegator_ #39 denegator_
#1 creo que ya se puede ejecutar Minecraft.
0 K 7
Rorschach_ #4 Rorschach_ *
'17 mins read'... los cojones, de interpretarlo correctamente hablamos otro día. :-D

Rel.: codexdna.com/products/bioxp-system/ o_o

 media
5 K 63
#11 --44189--
#4 Una impresora de ADN, te cagas... con lo que dan por culo las normales no quiero ni imaginarme estas  media
11 K 89
#46 DiCrEn *
#11 Hombre, el chiste homólogo a ese está claro
- Imprimeme este ARN
- No hay Timina
- No te preocupes, es ARN
- Pues te jodes porque no hay Timina :-)
7 K 77
bitman #30 bitman
#11 y es por esto por lo que nunca más compré impresoras de inyección a color, desde hace años sólo láser y B/N :ffu:
1 K 10
#56 --8899--
#4 Pues la verdad es que se entiende muy bien.
0 K 12
mimochilamemola #5 mimochilamemola
Leer el artículo es una delicia desde que Edward Jenner hizo su primer experimento con virus de viruela de vaca.
Hemos recorrido un gran camino en la sintetización de vacunas, colocando moléculas de ARN donde queramos.
(Copio y pego):

"Esto es un problema para nuestra vacuna: debe escabullirse de nuestro sistema inmunológico. Durante muchos años de experimentación, se descubrió que si la U en el ARN es reemplazada por una molécula ligeramente modificada, nuestro sistema inmunológico

…   » ver todo el comentario
33 K 247
PhoenixWright #36 PhoenixWright
#5 Lo de que al cambiar las U por Ψ hace que el sistema inmunológico deje de funcionar me ha dejado preocupado. ¿Que impide que alguien haga una versión del código del coronavirus completo (no solo de sus espigas) con esta sustitución? ¿O de cualquier otro virus? ¡Sería imparable!
2 K 30
#59 --8899--
#36 Añadiendo a lo que dice 41: al fabricar nuevos virus, las células humanas no entienden de Ψ ni saben cómo fabricarlo, con lo que los virus que salgan tendrán U.
1 K 21
#54 tusko
#36 Yo también lo he pensado, pero luego me he dado cuenta que las réplicas tendrían una U normal ya que el código ese nuevo no ocurre de manera natural.
0 K 9
#41 Razhan
#36 mi interpretación (sin tener ni puta idea) es que el sistema inmune seguiría atacando las proteínas del virus, y no importa el material genético porque está protegido. Este hack es para permitir el arn de la vacuna (más expuesto) circular por la sangre. Pero esto es especulación, agradecería la respuesta de un experto.
0 K 7
#12 --44189--
#5 Lo de las "AAAAAAAAAAAAAAAAAA" suena al típico filler
3 K 27
mimochilamemola #25 mimochilamemola
#12 Sí, aunque en este caso funciona de manera equivalente a los telómeros del ADN. Este envejece por el acortamiento de estas cadenas. Una vez que nos quedamos sin telómeros, este ADN muere. Aquí en este caso las terminaciones AAAAAAA evitan un envejecimiento prematuro del ARNm para que la vacuna sea duradera en el tiempo.
3 K 39
#47 --44189-- *
#25 mi duda es si el codón de parada se degrada como sabe cuando parar? porque encuentra otro de inicio en otro momento?, en programación si no pones el /0 sigue entrando mierda. Hay una longitud máxima? o deja de procesar cuando encuentra otro codón de inicio?
0 K 12
#57 --8899--
#47 Puede que por eso pusieron dos codones de parada. Respecto a tu pregunta, cada ARNm codifica una sola proteína, porque es una copia que se fabrica "en el momento" para hacer una proteína concreta. Por tanto, si se degrada el codón de parada, entiendo que seguiría añadiendo aminoácidos al final, lo que hará que la proteína construida sea defectuosa y no funcione correctamente, con lo que acabará por ser degradada por el cuerpo.
1 K 24
Polarin #19 Polarin
#17 El landing zone de cuando haces exploits.... :-> Esa zona rara que te dicen que hagas un padding.
2 K 20
#52 Akrai
#12 es el Lorem Ipsum biológico
0 K 6
Zotal #37 Zotal
#5 Miedo me da, A(20) de terminacion es la hormona de crecimiento.
Os imaginais que el efecto secundario es que el sistema inmune ataque a la hormona de crecimiento? los niños no crecerian, y los gimnasios estarian poblados de fido-didos
1 K 19
#58 --8899--
#37 ¿Eh?
0 K 12
Idomeneo #6 Idomeneo *
Meneo porque la noticia es alucinante, pero la metáfora del código fuente resulta un poco extraña aquí. En programación no se hace ingeniería inversa del código fuente, sino que el código fuente es el resultado de hacer ingeniería inversa de algo (por ejemplo, de un ejecutable).

Yo lo hubiera dejado en "Ingeniería inversa del código" (a secas).
17 K 145
DeepBlue #27 DeepBlue
#6 Por matizar un poco, lo de la ingeniería inversa en programación se hace alguna vez: sé de uno que hace unos años estuvo rebuscando en el código máquina del ejecutable de un programa comercial para ciertos cálculos de ingeniería (uno de esos que la licencia son unas decenas de miles de euros al año por cada PC donde lo quieras ejecutar) cómo aplicaba las condiciones de contorno en ciertos casos (no estaba protegido por la propiedad intelectual, simplemente no era público). La forma de crackear licencias de videojuegos también se podría llamar ingeniería inversa. Y el caso más habitual es el de coger código "legacy" e intentar entender qué demonios hace en un caso tonto.
2 K 30
#32 ingenieril
#6 Mmmm...yo mas bien lo veo como lo que hace IDA PRO. Coge el ensamblador y lo interpreta para que el programador vea las funciones, variables, etc...Aquí el programa IDA es el autor del artículo, que me parece una puta pasada.
Saco un par de conclusiones:
- El futuro de la informática pasa por usar 4 estados en vez de 2. Lo que nos permitiria guardar mas informacion que solo 2.
- Pasa por utilizar redundancia (checksums) en la forma de guardar informacion: CGA seria lo mismo que CGU. Perdemos…   » ver todo el comentario
2 K 25
#61 --8899-- *
#32 Lo de usar cuatro estados en vez de dos es lo que se hace en las Flash multinivel.

La redundancia ya se hace en los discos duros Flash, y es algo más compleja que esa.

Y el ADN no es tan seguro: la prueba es la evolución.
0 K 12
#53 mizuiro
#32 Considera el número 1000

Para Unario : Posibles simbolos {0} Cantidad de dígitos para representar 1000 : 1000, Complejidad : 1000*1=1000

Para Binario : Posibles simbolos {0,1} Cantidad de dígitos para representar 1000 : 10, Complejidad : 10*2=20

Para Ternario : Posibles simbolos {0,1,2} Cantidad de dígitos para representar 1000 : 7, Complejidad : 7*3=21

Para Decimal : Posibles simbolos {0,1,2...9} Cantidad de dígitos para representar 1000 : 4, Complejidad : 4*10=40

Los dígitos binarios tienen la menor complejidad.

Ahora te preguntarás por otra optimización. ¿Por qué tenemos dos sexos y no uno ni tres? No, no es para hacer posible el feminismo.
0 K 7
#60 --8899--
#6 No, no... El código en sí es ARN, mientras que la secuencia que pone ahí sería el "desensamblado" de dichas secuencias de bases.
1 K 25
Idomeneo #64 Idomeneo
#60 El problema es que una vez desensamblado todavía tienes que averiguar lo que hace, y por eso es lógico hablar de ingeniería inversa en un sentido general.

Seguramente no haya una analogía perfecta, pero a mí me recuerda el bytecode de Java.
0 K 13
balancin #7 balancin
No soy programador pero me ha encantado el artículo
3 K 45
#8 kanowins
Me ha flipado el artículo. Ya casi podemos hackear nuestro código. Da un poco de vértigo, pero los avances que vienen van a ser alucinantes.
2 K 31
gustavocarra #22 gustavocarra
#8 Podemos hacerlo. Se llama edición génica y lo inventó un español al que se le ha escamoteado el nobel porque antes se le escamoteó el Princesa de Asturias.
3 K 46
Bacillus #28 Bacillus
#22 la edicion génica no la invento un español. Primero porque existe vida más alla de crispr... Segundo, porque Mojica dentificó crispr, pero no lo asoció a un método para editar genes, sino que se centró en su función natural/biológica en la resistencia (inmunidad) de bacterias frente a virus.
1 K 16
gustavocarra #44 gustavocarra
#28 Es así, Mojica no inventó (aunque si vislumbró) las aplicaciones biotecnológicas de CRISPR, pero si le puso nombre, sugirió un papel biológico y también identificó las nucleasas asociadas (de otro modo no le hubiera podido llamar CRISPR, que significa que está asociado a las Cas). Y ciertamente, la modificación de las enzimas de CRISPR para optimizarlas o asignales otras tareas, e incluso el hallazgo de otros sistemas similares no ha parado de crecer y llenar miles de papers.

Eso no le resta ni el más mínimo mérito a Mojica en el desarrollo de esa tecnología.
2 K 31
Bacillus #45 Bacillus
#44 evidentemente Mojica debería haber tenido más reconocimiento...no ya por el Nobel, que es algo complejo y, en cierto modo, ajeno; sino desde las propias instituciones nacionales. Recordemos que no le dieron el príncipe de Asturias.
Pero esto no quita lo que he dicho. La edición genia es anterior a Crispr y el propio Mojica no fue quien desarrollo la edición génica usando Crispr.
0 K 8
#23 kanowins
#22 sí, cuando escribía el comentario pensaba en CRISPR. Una cosa es editar y otra saber lo que se está haciendo, lo que me ha llamado la atención es lo segundo.
1 K 16
gustavocarra #24 gustavocarra
#23 Para terminar de saber todo lo que se está haciendo queda todavía un poco, pero bueno, lo mismo le pasa a los hackers :-D
1 K 17
Ñbrevu #9 Ñbrevu
La verdad es que es alucinante. Me ha sorprendido eso del nucleótido falso ψ en vez del uracilo... cuando vi la cadena original al principio, pensaba que era una forma de mezclar la timina y el uracilo en un solo símbolo, por el rollo de que los dos son "equivalentes" del ADN y el ARN (nucleótido opuesto a la adenina), pero no, es una molécula nueva usada para engañar a la célula.

Hay tantas cosas flipantes en el artículo que no sé ni por dónde empezar. Lo del nucleótido falso, la…   » ver todo el comentario
18 K 139
vaiano #29 vaiano
#9 yo estaba desayunando tranquilamente y al leer que usan un nucleotido falso le he escupido todo el café a mi mujer !! Siempre habíamos apostado por el uralito!
7 K 62
#62 --8899--
#29 No, que el uralito es cancerígeno porque tiene amianto :troll:
2 K 36
#13 --556871--
El código fuente tiene un troyano para controlarla a todos...
0 K 7
luiggi #14 luiggi
Si el rumor de que metieron el juego snake cómo un huevo de pascua en el código de la vacuna es cierto me va a dar miedillo
0 K 10
knzio #67 knzio
#14 lo sabremos en semana santa
0 K 11
skatronic #15 skatronic *
El artículo es brutal. Creo que es lo más interesante y fascinante que he leído sobre el tema coronavirus en general.
10 K 97
oLiMoN63 #49 oLiMoN63
#15 Totalmente de acuerdo. Y asombroso cómo está redactado, con rigor y con la simplicidad necesaria para que todos los que no somos genetistas podamos entenderlo.
1 K 20
slepo #18 slepo
"Studies have been done to find out what the optimal number of A’s at the end is for mRNA vaccines. I read in the open literature that this peaked at 120 or so."

Mientras que en esta vacuna:
"This is 30 A’s, then a “10 nucleotide linker” (GCAUAUGACU), followed by another 70 A’s."

Y aquí es donde está el chip 5g...
2 K 21
#31 mizuiro
#18 Tiene pinta de ser compresión de datos.
0 K 7
ElPerroDeLosCinco #20 ElPerroDeLosCinco
Acojonante artículo: informativo, ameno y profundo al mismo tiempo. Me gustaría leer otro artículo de la misma fuente, comparando el "código fuente" de la vacuna de Pfizer con otras vacunas COVID, como la de AstraZeneka o ModeRNA... Sería fascinante ver en qué puntos han elegido las mismas estrategias y en cuáles han tomado decisiones diferentes. y ¿por qué no? jugar a idear la combinación perfecta de todas ellas.
3 K 43
dani.oro.5 #21 dani.oro.5 *
"Nature groups 3 nucleotides into a codon, and this codon is the typical unit of processing. A codon contains 6 bits of information (2*3)."

La información de un nucleótido:

-4*(1/4)*log2(1/4)

¡Amo a Shannon!

en.wikipedia.org/wiki/Entropy_(information_theory)?wprov=sfla1
1 K 13
#33 mizuiro
#21 En la tabla del artículo se ve claro que el tercer nucleótido proporciona algo de redundancia. Esto está ligado con el mecanismo de copia que cuando falla, falla mucho más con el tercer nucleótido. En algunos casos de errores produce exactamente la misma proteina, sí, pero esto va más allá. Cuando produce una proteina distinta la produce de forma que se pliega igual que la buena, por lo que es posible que sea igualmente funcional.

La asociación de nucleótidos a proteinas no tiene nada de…   » ver todo el comentario
3 K 39
dani.oro.5 #35 dani.oro.5
#33 muy interesante, ¿alguna referencia para alguien que no sabe más que lo de bachiller de biología?
0 K 10
#26 Geyperman *
Muy buen artículo. Lo malo es que no explica ese "clever method" lipídico para interiorizar el ARN de la vacuna en las células. Es como si hubiese todavía conectores privativos en vez del estándar USB para conectar memorias flash al ordenador (la célula). Serán secretos comerciales...
1 K 16
#63 --8899--
#26 Esa parte entiendo que va en la patente del método de fabricación de la vacuna. Es una parte diferente, pues la idea es que lo que tú dices es genérico para absolutamente cualquier vacuna de mARN que haga Pfizer, y lo que la personaliza es la secuencia de mARN, que es lo que se analiza aquí.
0 K 12
casius_clavius #34 casius_clavius
Estaba leyéndolo con los ojos como platos, tanto que he pensado si no sería una broma para vacilar. Magnífico artículo.
2 K 32
denegator_ #38 denegator_
Alguién ha leído por ahí 5G? :tinfoil:
1 K 17
oLiMoN63 #50 oLiMoN63
#38 And this has been achieved in the vaccine RNA by replacing many characters with Gs
Han metido Gs por todas partes... Muchas más de 5 Gs...!!!! :roll:
1 K 20
sillycon #42 sillycon *
Buenísmo. Algunas comparaciones informáticas son un poco patateras, y algunas partes quizá necesitasen de una explicación más detallada para los que lo vean por primera vez, pero en conjunto el artículo es maravilloso.
0 K 9
aironman #48 aironman
Un artículo que te recuerda porqué está caja de resonancia todavía puede ser útil.

Brutal.
0 K 10
oLiMoN63 #51 oLiMoN63
The people (twitter.com/goodwish916) that discovered this should be walking around high-fiving themselves incessantly. Unbearable amounts of smugness should be emanating from them. And it would all be well deserved.

(In reality, many of these scientists are tremendously humble - I simply wouldn’t know what to do with myself if I had made such an important discovery!)

Entre otras cosas que me encantan de este artículo está esta. El hecho de que gente bastante anónima lleva…   » ver todo el comentario
2 K 36
Nova6K0 #55 Nova6K0
Yo os lo traduzco:

Esto:

GAAΨAAACΨAGΨAΨΨCΨΨCΨGGΨCCCCACAGACΨCAGAGAGAACCCGCCACC

Significa esto:

GAA€AAAC€AG€A€€C€€C€GG€CCCCACAGAC€CAGAGAGAACCCGCCACC

Saludos.
1 K 9
#66 --647244--
La leche el artículo. Yo se lo recomendaría especialmente al que empieza con la bioinformática.
0 K 11
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menéame